В самото начало на Земенския пролом , на левия бряг на река Искър е разположен Земенският манастир „Свети Йоан Богослов“, който в днешно време е превърнат в музей.
Основан е през XI век и представлява комплекс, състоящ се от църква, камбанария и две жилищни сгради.
Най-впечатляваща в манастирския комплекс е църквата, позната още като "Квадратната църква", която през 1966 г. е обявена за Паметник на културата. По форма тя е кръстокуполна, почти кубична сграда, изградена изцяло от камък бигор, с три абсиди, без предабсидно пространство и преддверие.
Стенописите в нея са уникални произведения на българското средновековно изкуство, най-старите от които датират още от XI век. Особено ценни са шест ктиторски портрета, един от които е на неизвестен местен феодал и съпругата му Доя. Той се смята за един от най-ранните портрети на български боляри, с най-висока художествена стойност след образите на севастократор Калоян и Десислава от Боянската църква.
През 2004 г. Земенският манастир става филиал на Националния исторически музей.